怪奇現象調查組織SSP成員某天收到了來自艾克斯奧特曼的變身器艾克斯終端。有雨落入了敵人的陷阱，特殊防衛隊Xio的隊員大空大地（高橋健介 飾）被迫與艾克斯奧特曼解除了一體化的聯系。在此之后，大地下落不明，艾克斯奧特曼值得拜托SSP和紅凱（石黑英雄 飾）尋找大地。另一方面，時刻企圖將美麗的東西變成寶石據為己有的邪惡外星女魔頭穆魯娜奧，而今正打算把地球變成寶石。與此同時，暗黑軍團伽古拉也蠢蠢欲動。地球面臨最大的危機……本片在日本國內61塊銀幕上同時公映，首周初登場觀眾滿意度排名第一位。