故事設定在一個從未出現過奧特曼與怪獸的地球上。某天，因意外一名外星人從宇宙墜落。失去過往記憶的外星人“奧美迦”化身為地球人模樣，被人稱為“宙人”。他對人類充滿好奇，積極地接觸這些陌生的生命體。當神秘巨型生物接連出現時，塵封的記憶碎片被喚醒，宙人脫口而出“怪獸”二字。面對怪獸的威脅，強烈的使命感驅使他變身成為奧美迦奧特曼，與怪獸作戰。隨著故事推進，來自外星的宙人與一位普通青年逐漸成為并肩作戰的伙伴。