水族箱里誕生了4條小魚，其中包括哈羅德的女兒伊莎貝爾。伊莎貝爾的身上長著不好看的斑點還缺失了一些鱗片，她的長相遭到魚群的其他成員嘲笑。魚群首領(lǐng)瑟斯頓要求哈羅德必須把伊莎貝爾藏起來否則被人來發(fā)現(xiàn)將會把他們丟進(jìn)大海里。貪玩的伊莎貝爾還是被人類發(fā)現(xiàn)了，她和哈羅德一起被丟進(jìn)浩瀚無邊的大海里。海上突如其來的巨大風(fēng)浪使得水族箱里的魚都掉進(jìn)大海,一時之間，伊莎貝爾和哈羅德失散了。伊莎貝爾偶遇了艾普爾并結(jié)識了一群長相奇特的魚，它們皆因外在缺陷被同族排擠。在艾普爾的帶領(lǐng)下，伊莎貝爾和其它魚準(zhǔn)備穿越火山抵達(dá)珊瑚礁尋找哈羅德。另一邊，哈羅德在海黃瓜卡爾的陪同下找尋女兒未果，傷心欲絕，隨魚群離去。成功穿越火山的伊莎貝爾在珊瑚礁與哈羅德相遇，而珊瑚礁女王的出現(xiàn)更令父女驚喜，原來女王竟是伊莎貝爾的媽媽。一家人歡聚在一起。