剛剛結束了與叛忍集團“曉”的抗爭，木葉村被一股詭異不祥的氣氛所籠罩。此時此刻，漩渦鳴人（竹內順子 配音）沉浸在對家人的思念中，孤獨無助。某個晚上，心情糟糕的鳴人巧遇剛剛和家人吵架的小櫻（中村千繪 配音），二人在公園閑聊之際，神秘的斑（內田直哉 配音）突然出現，并向二人使出瞳術。眩暈過后，鳴人和小櫻發現看似一如平常的木葉村，曾經熟悉的伙伴竟然性格發生巨變。一連串不正常的事件令二人苦惱不已。更令人難以置信的是，包括佐助以及鳴人的父母波風水門（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出現在他們的面前。斑的陰謀慢慢展開……本片根據岸本齊史的漫畫原作改編，為該作品第九部動畫劇場版。