亨利·戈爾丁飾演一名因背負了復雜過去而隱忍的獨行者，代號蛇眼。一次偶然，他救下了嵐影一族的準接班人，從而被邀請加入他們在日本的組織。在那里，嵐影一族不但教會了蛇眼如何成為一名忍者，也給了他一直想要的一個家。但當蛇眼過去的秘密被逐漸揭開，他的信譽以及對組織的忠誠也將受到考驗，即便這會使他會失去最親近的人的信任。特種部隊原著中的經典角色也將在《特種部隊：蛇眼起源》中一一亮相。